År 1640 var den skogsklädda och klippiga udden Estnäs helt obebyggd när Helsingfors flyttades hit från Gammelstaden och man började bygga upp staden. Udden var emellertid ett viktigt landmärke för dem som kom sjövägen: man måste runda udden för att nå huvudhamnen på östra sidan av Estnäs.
I slutet av 1600-talet bestod Helsingfors av fyra kvarter. I sydost låg ”Fiskarback qwarteret”, ett område som beboddes av fiskare och som idag utgör den västra delen av Skatudden. Med undantag för de anspråkslösa fiskarstugorna, en tegelfabrik, ett stort kronomagasin på Lökholmen och några små åkerplättar var udden mycket outvecklad.
Namnet Skatudden härstammar från slutet av 1600-talet då platsen kallades Estnäs Skatan. På en karta från 1775 har namnet skrivits i formen Skat Udden, och i en kartbilaga från 1886 har udden fått det finska namnet Katajanokka. Först 1959 blev det namnet på stadsdelen. Den lilla kanalen mellan Skatudden och fastlandet byggdes 1844. Enligt de ursprungliga planerna skulle Hamngatan bli en esplanad. Den kallades senare Västra Hamngatan och fick sitt nuvarande namn (dvs. Hamngatan) 1928.
I början av 1800-talet hörde Skatudden ännu till Helsingfors utkanter. I de små stugorna bodde främst sjömän och sjömansänkor, och det fanns bara ett par större byggnader på udden: Marinkasernen ritad av Engel och byggd 1825 samt myntverket ritat av A.M. Gornostajev och byggt 1863.
Det verkliga byggandet på Skatudden kom igång först under den andra hälften av 1800-talet, då det började dyka upp stora stenhus i Helsingfors. Uspenskijkatedralen, som dominerar stadsbilden på udden och också är ritad av Gornostajev, stod klar 1868.
Under denna period byggdes förrådsbyggnader längs stränderna. I slutet av 1800-talet och början av 1900-talet utvecklades Skatudden från kåkstad till ett imponerande bostadsområde i jugend-stil (eller art nouveau som den också kallas).
Skatuddens i övrigt enhetliga stadsbild förändrades radikalt 1962, då Enso Gutzeits vita huvudkontor byggdes på den sida som vetter mot Salutorget. Byggnaden ritades av Alvar Aalto (1898–1976) och har väckt motstridiga känslor ända sedan den stod färdig. Byggnaden ersatte det palatslika så kallade Norrménska huset i nyrenässans, som hade ritats av den berömda arkitekten Theodor Höijer (1843–1910) och som måste rivas för att ge plats åt det nya huvudkontoret. Alfred Norrmén (1858–1942) var verkställande direktör för Finska föreningsbanken och ordförande för Helsingfors stadsfullmäktige, och han ville ha sitt flotta hus så nära Senatstorget som möjligt.
Mitt på udden ligger Helsingfors forna länsfängelse. Den äldsta delen, en förvaltnings- och kyrkobyggnad, är från 1837. Fängelsets korsformade tegelbyggnad med cellavdelningarna ritades av L.I. Lindqvist och Theodor Decker, och är från 1888. En byggnad med bostäder för personalen byggdes under samma period. Fängelseområdet omges av en hög tegelmur. År 2002 upphörde fängelseverksamheten och komplexet renoverades för att kunna användas som hotell.
Marinkasernen byggdes ursprungligen för de ryska soldaterna i Helsingfors. År 1833 förlades ett sjöförband med namnet Finska sjöekipaget där. Kasernbyggnaderna ritades av C.L. Engel. Ett sjukhus i två våningar ritades av A.F. Granstedt (1800–1849) och byggdes 1838. Kasernbyggnaderna renoverades och kompletterades 1984–89 och togs sedan i bruk av Utrikesministeriet. År 2009 fick den öppna platsen framför byggnaderna namnet Martti Ahtisaaris plats efter president Martti Ahtisaari (f.1937) som hade fått Nobels fredspris året innan.
Bostadsområdet på Skatuddens spets byggdes på 1970- och 80-talet utifrån en detaljplanetävling där det vinnande bidraget hade utformats av de unga arkitekterna Vilhelm Helander, Pekka Pakkala och Mikael Sundman.
Skatuddens hamn
VuoI en detaljplan från 1875 behandlades den sydvästra stranden på Skatudden för första gången som en utvidgning av Södra hamnen. I ett detaljplaneförslag från 1882 fastställdes området tydligare som frakthamn med magasin och järnväg. År 1895 byggdes ett järnvägsspår som gick runt hela Helsingfors udde, längs Södra hamnen och Salutorget till Skatudden. Ungefär samtidigt byggdes kajen som ligger norr om det nuvarande utfyllnadsområdet, och placerades snett i förhållande till kvarteren. Hamnkajen breddades och fick sin nuvarande plats 1956. Hamnens fartygsramp är från 1980.
Kajen i Skatudden användes som frakthamn ända till 1970-talet. Järnvägsspåret togs ur bruk 1980 och revs 1985, och efter detta utvecklades området till en passagerar- och kryssningshamn. Passagerartrafiken går till Tallinn och Stockholm, och dessutom besöks Helsingfors av cirka 160 lyxkryssare per år. De historiska magasinen har omvandlats till hotell-, kontors-, restaurang- och kongresslokaler. Idag har Skatudden cirka 4 600 invånare.